Este Programa fue concebido al año 1999 por los académicos Manuel Roncagliolo y Adrián Palacios del entonces Departamento de Fisiología como una opción de educación continua regional para profesionales de las áreas de las ciencias biológicas y de la salud, aprovechando y desarrollando un área consolidada de Investigación en la Facultad de Ciencias, la Neurociencia.
Decreto Exento Nº 01180 de 23 de julio de 1999: Creación del Magíster en Neurociencia adscrito a la Facultad de Ciencias.
Se encuentra adscrito a la Facultad de Ciencias. Participan en él mayoritariamente académicos de los Institutos de Fisiología y Neurociencias. Además, participan en el claustro académico profesores de las Facultades de Ingeniería, Medicina, Odontología, y Farmacia.
Carácter Académico, y así se encuentra formalizado en el nuevo reglamento del Magíster, Resolución Exenta Nº7603 del 20 de diciembre de 2022.